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好氧颗粒污泥的形成是由众多因素共同作用完成的复杂过程，其中既有微生物的作用，也包含物理、化学等方面的作用，国内外学者对于好氧颗粒污泥的形成进行了长期研究，主要形成以下几种学说。
 
微生物自凝聚原理
 
自凝聚是一种在适当条件下自发产生的微生物凝聚现象。有研究表明，好氧颗粒污泥的形成是由种泥逐步致密聚集的渐进过程，通过各种影响力进而形成颗粒污泥。由水力剪切力、pH等众多因素决定颗粒最终能否形成稳定的结构。
 
 丝状菌假说
 
在好氧颗粒污泥的培养过程中，接种污泥的微生物主要以丝状菌为优势菌种。反应器中培养出的颗粒污泥种类不同，丝状菌在颗粒形成过程中所起到的作用也不同。
 
有研究通过对所培养出的不同颜色颗粒污泥进行破碎处理，得到丝状菌在颗粒污泥中的形成结构。好氧颗粒污泥在反应器不同阶段出现黄色、黑色及白色3种不同颜色的颗粒，不同颗粒污泥的菌种比例及形态结构都有所区别。
 
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